O empreendimento hidrelétrico está localizado em zona rural, no sudeste de Goiás, rio São Marcos, bacia do rio Paraná, sub-bacia do rio Paranaíba, entre os municípios de Davinópolis (margem esquerda) e Catalão (margem direita). Fica a aproximadamente 58 km de distância da área urbana de Catalão e cerca de 27 km de Davinópolis.

As coordenadas geográficas são: latitude 18º 04’ Sul e longitude 47º 40’ Oeste. O acesso à UHE Serra do Facão é realizado da seguinte forma: saindo do município de Catalão/GO pela BR-050, segue-se em direção ao município de Cristalina, tomando-se a GO-210, à direita, no km 265, com destino ao município de Davinópolis.

Após percorrer cerca de 28 quilômetros, toma-se a GO-301, em direção à divisa com o estado de Minas Gerais. Nesse trecho, percorre-se cerca de sete quilômetros até a intersecção com o acesso à Usina, na margem esquerda do rio São Marcos.